Pro přihlášení do aplikace SEPO je využívána jako identifikátor emailová adresa uživatele, která je unikátní pro každý subjekt. Její prvotní ověření je řešeno v rámci registrace uživatele z veřejné části uživatelova platného certifikátu (veřejný klíč).
Princip využití digitálního podpisu v aplikaci SEPO je následující:
Pomocí veřejné části certifikátu získá systém v době registrace informaci, zda registrující se uživatel registruje jeho platnou emailovou adresu, kterou použil při žádosti o certifikát u certifikační autority.
Vlastní dotázání do operačního systému dnes umožňuje (bez instalace dalších komponent) jen prohlížeč Internet Explorer. Proto je nutný pro registraci. Další práce s aplikací SEPO je již možná i z jiných webových prohlížečů.